Neues tool hilft, sammeln nützliche genetische Informationen, die aus Blut, Haut, Gewebe

DNA-Sequenzierung wird immer ein häufiger Methode für die Erkennung von Krankheiten und die Verbesserung der Präzision Medizin. Da die DNA-Sequenzierung erkennt nicht alle möglichen krankheitsverursachenden Mutationen, die die RNA-Sequenzierung wird oft verwendet, um diese wichtige Lücke. Jedoch, RNA-Sequenzierung durchgeführt wird typischerweise auf klinisch zugänglichen Geweben aus dem Blut und die Haut und wahrscheinlich nicht stellen eine komplette Sicht auf den rest des Körpers.

In der Hoffnung, zu verfeinern, die Nützlichkeit der RNA-Sequenzierung, ein team von Forschern vom Krankenhaus der Kinder von Philadelphia (CHOP) und der Perelman School of Medicine an der University of Pennsylvania haben eine Datenbank von RNA-Sequenzierung Ergebnisse in nicht-klinisch zugänglichen Geweben von Organen wie Gehirn und Herz. Dies half Ihnen identifizieren und Unterschiede zwischen den Geweben, die waren gut ausgedrückt, um zu helfen zu identifizieren, wenn klinisch zugänglichen Geweben wie Blut und Haut-Proben, die am nützlichsten sind und Wann nicht. Hilfe Zukunft Sequenzierung und Beihilfen Diagnose, die Untersuchung team entwickelte auch eine online-Ressource, die umreißt, wie sich diese Unterschiede auf spezifische Gewebe und Gene von Interesse. Die Ergebnisse wurden online veröffentlicht heute in der Fachzeitschrift Genetics in Medicine.

Forscher weiter zu verbessern, die Fähigkeit der Sequenzierung tests, um genetische Mutationen, die drive-Krankheit. Exom-Sequenzierung erfasst etwa 31% der vererbten genetischen Störungen, und die Genom-Sequenzierung verbessert diese Quote irgendwo zwischen 10% und 15%, was bedeutet, dass die Mehrheit der Patienten, die Sie erhalten dieses screening wird nicht erhalten eine angemessene molekulare Diagnostik. Einer der Hauptgründe für Schwierigkeiten ist die Anzahl der nicht-kodierenden Varianten diese tests erfassen. Diese Varianten sind in der Lage, die Krankheit verursachen, aber Sie sind schwer vorherzusagen und werden daher oft ignoriert, durch die vorhandenen diagnostischen Verfahren.

Eine Möglichkeit, diese Varianten, die Probleme verursachen können, ist Ihre Fähigkeit, zu ändern, RNA-Spleißen, oder der Prozess, durch den die nicht-codierenden Teile von Genen entfernt, so dass nur die kodierenden Teile verfügbar sind zu erstellen die benötigten Proteine. Daher Varianten, die Einfluss auf die RNA-Spleißen verändern kann die Funktion von wichtigen Proteinen, die zu Krankheiten führen können. RNA-Sequenzierung) können Sie feststellen, diese Variante und fügen Sie die Kenntnisse, die er aus exome und genome sequencing. Jedoch, RNA-Sequenzierung ist kompliziert, weil das gen muss ausdrücklich in das Gewebe von Interesse, und oft werden diese Gewebe sind nicht zugänglich.

„Wir wissen, dass wir nicht in der Lage zu testen, die Gewebe in das Gehirn, Herz und bestimmte andere Organe, die für diagnostische Zwecke, aber wir wissen auch, dass die Verwendung von RNA-Sequenzierung in diesen Geweben konnte zeigen, wichtige genetische Informationen, die wir sonst möglicherweise nicht in der Lage sein zu erfassen“, sagte Elizabeth Bhoj, MD Ph. D., ein behandelnder Arzt mit der Abteilung für Humangenetik bei CHOP, ein Assistenzprofessor von Kinderheilkunde an der Perelman School of Medicine und leitende co-Autor der Studie. „Durch das Studium sowohl klinisch und nicht-klinisch-Gewebe zur Verfügung, wir haben gehofft, dass diese Studie würde zeigen das wahre Ausmaß dessen, was uns möglicherweise fehlt, mit aktuellen RNA-sequenziermethoden.“

Die Studie team quantifizierten RNA-Spleißen in 801 RNA-sequenzierten Proben aus 56 verschiedenen adulten und fetalen Geweben. Gene und Spleiß-Ereignisse identifiziert wurden, die das team in jeder nicht-klinisch-Gewebe zur Verfügung, die dann erlaubt die Forscher, um zu bestimmen, wenn die RNA-Sequenzierung in jedem klinisch-verfügbar Gewebe eigentlich unzureichend vertritt. Das team entwickelte dann seine eigene online-Ressource, MAJIQ-KATZE, so dass die anderen erkunden konnten Ihre Analyse für spezielle Gene und Gewebe.

Die Forscher fanden heraus, dass mit 40,2% der nicht klinisch verfügbar ist das Gewebe RNA-Spleißen, die nur unzureichend vertreten, die in mindestens einer klinisch-Gewebe zur Verfügung, und 6,3% der Gene Spleißen unzureichend vertreten durch alle klinisch-Gewebe zur Verfügung. Während eine Mehrheit (52.1%) dieser Gene haben eine niedrige Ausprägung im klinisch-Gewebe zur Verfügung, die Studie team hat gezeigt, dass 5.8% sind unzureichend dargestellt, obwohl Sie gut ausgedrückt, damit repräsentieren Sie einen bedeutenden Teil der Gene von Interesse, die nicht ordnungsgemäß erfasst traditionellen RNA-sequencing-Methoden.

„Durch die Verwendung von MAJIQ-CAT, Forscher bestimmen können, welche zugänglichen Geweben, wenn überhaupt, am besten repräsentieren RNA-Spleißen in Genen und Geweben von Interesse,“ Bhoj sagte. „Dies wirkt sich zwar nicht auf die gesamte Lücke, die aktuellen exome und genome-sequencing-Methoden, die wir glauben können wir erfassen, dass mehr Gene und bestimmen, wie Sie auf die menschliche Gesundheit auswirken.“