Institut Pasteur-Sequenzen das gesamte Genom des Wuhan coronavirus, 2019-nCoV
Am Januar 24, 2020, der französische Gesundheitsministerium bestätigte den ersten drei Fällen von betroffenen Patienten, die an der Wuhan coronavirus. Januar 29, 2020, Institut Pasteur, verantwortlich für die überwachung von Atemwegserkrankungen in Frankreich, sequenziert das gesamte Genom des coronavirus bekannt als „2019-nCoV“, als erste institution in Europa, um die Sequenz der virus seit dem Beginn des Ausbruchs. Das virus wurde sequenziert, die am Institut Pasteur ist Mutualized Plattform für Mikrobiologie (P2M), die führt die Genom-Sequenzierung auf bakterielle, virale, Pilz-und Parasiten-Stämme erhalten durch die Nationalen Referenz-Zentren und der World Health Organisation Collaborating Center für die Zwecke der überwachung von Infektionskrankheiten.
Im Dezember 2019, ein Ausbruch von scheinbar virale Pneumonie unbekannter ätiologie entstanden in der Stadt Wuhan in der chinesischen Provinz Hubei.
Am 9. Januar 2020, die chinesischen Gesundheitsbehörden und die Weltgesundheitsorganisation (WHO) angekündigt, die Entdeckung eines neuartigen Corona-Virus, bekannt als 2019-nCoV, das wurde bestätigt, als der agent verantwortlich für die Lungenentzündung Fällen (siehe Institut Pasteur ist eine Tatsache Blatt auf die „Wuhan coronavirus“—Seite in Französisch).
Über das Wochenende von Januar 11-12, die chinesischen Behörden teilten die vollständige Sequenz des coronavirus-Genoms erkannt in Proben aus dem ersten Patienten. „Die Sequenzierung des Genoms von Krankheitserregern ist von entscheidender Bedeutung für die Entwicklung von spezifischen diagnostischen tests und der Identifizierung von potenziellen Behandlungsoptionen“, erklärt Sylvie van der Werf, Direktor des National Reference Center (CNR) für Respiratorische Viren am Institut Pasteur.
Freitag, Januar 24, 2020. Nachweis des virus in Frankreich bestätigt
Am Freitag, Januar 24, am späten morgen, das Institut Pasteur erhielt Proben von drei Verdachtsfälle (zwei Patienten in Paris und eine in Bordeaux). „Mit den Proben von diesen Patienten haben wir festgestellt, das der Roman coronavirus“, sagt Sylvie Behillil, stellvertretender Direktor des CNR am Institut Pasteur.
Von Freitag, Januar 24, 2020. Virale Genom Sequenzierung erfolgte am Institut Pasteur
Selben Freitag Abend, Wissenschaftler startete der Prozess der Sequenzierung des viralen Genoms auf der Grundlage der Proben. Die CNR vorbereitet, das material für die Sequenzierung, bereit für P2M beginnen sofort mit der Arbeit am folgenden Montag. Die Sequenzierung ausgeführt wurde ergänzt durch die am frühen Abend am Dienstag, und die Wissenschaftler verwendeten Daten-Analyse zu erhalten, die Sequenz des gesamten Genoms in zwei der ersten drei bestätigten Fällen in Frankreich. „Das beweist die Wirksamkeit der CNR ist der Prozess der Analyse, basierend auf virale Sequenzierung“, fährt Vincent Enouf.
Donnerstag 30. Januar 2020. Das Institut Pasteur erhält und teilt die gesamte Sequenz des virus
Die P2M-Plattform (siehe Kasten unten) führt zurzeit auf einem extrem hohen Niveau; die Durchschnittliche Zeit, die zum erzeugen von Sequenzen reicht von drei Tagen (für Notfälle) bis zu einem maximum von zehn Tagen. In diesem Fall dauerte es nur drei Tage für die gesamte Sequenz zu bestimmen: „Wir führten Datenanalyse in der Nacht von Dienstag auf Mittwoch, dann werde die Ergebnisse am Mittwoch mit counter-Analyse“, erklärt Vincent Enouf. „Die ganze Sequenz bestätigt wurde, in nur drei Tagen.“
Was können wir daraus lernen? „Die Sequenzen waren identisch in allen unseren Proben. Ein Mitglied des Paares haben müssen, verstrahlt die anderen, da das virus ist das gleiche.“ Die zwei vollständigen Sequenzen des virus isoliert und in zwei der ersten französischen Fälle übermittelt wurden, die Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) Plattform 1 wurde ursprünglich entwickelt, um zu teilen, Videosequenzen und überwachung der genetischen evolution von influenza-Viren, ein Prozess, der unerlässlich ist, um zu bestimmen, die Zusammensetzung der influenza-Impfstoff. Eine spezielle „coronavirus“ – Registerkarte erstellt wurde, so dass die wissenschaftliche Gemeinschaft, die zusammen arbeiten können und Voraus in eine schnellere Gangart.
„Rund zwanzig anderen Sequenzen des neuartigen coronavirus-Genom wurden weltweit erhältlich, und wenn wir Sie vergleichen mit den unsrigen, wir können sehen, dass Sie alle sehr nah; es ist nicht zu viel Vielfalt in der Viren analysiert, die darauf schließen lässt, dass coronavirus-2019-nCoV nicht brauchen, um zu mutieren, um anzupassen und zu verbreiten“, fährt Vincent Enouf.
Das Nationale Referenzzentrum (CNR) für Respiratorische Viren am Institut Pasteur in Paris ist eines der WHO-Referenzlabore für coronavirus-2019-nCoV.
Insgesamt acht Personen von der CNR und zwei von der P2M-sequencing-Plattform gearbeitet haben, das virus in dieser Woche und wird weiterhin ein Monitoring der Ausbruch in Frankreich.
P2M, eine state-of-the-art mutualized Plattform für die Mikrobiologie auch offen für externe CNRs
P2M ist auch für externe CNRs für die Sequenzierung. In 2019 es arbeitete mit vier CNRs außerhalb des Institut Pasteur. Die Plattform-Sequenzen von Bakterien, Viren, Parasiten und Pilze. Dank der Erfahrung im Laufe der letzten fünf Jahre (seit 2015), P2M bietet heute einen sehr effizienten service, wie gezeigt, durch einen first-pass-Erfolgsquote (d.h. eine hochwertige Sequenz mit umfassenden Informationen über das gesamte Genom) von mehr als 95% in 2019. Sequence-Produktion dauert zwischen drei Tagen (für Notfälle) und höchstens zehn Tage.
