Genexpression Studie wirft ein neues Licht auf die afrikanischen Salmonellen
Wissenschaftler an der Universität von Liverpool genommen haben, ein weiterer Schritt vorwärts im Verständnis der Bakterien, die verursachen eine verheerende Salmonellen – Epidemie, die derzeit Tötung von rund 400.000 Menschen jedes Jahr in sub-Sahara-Afrika.
Veröffentlicht in der Zeitschrift PLOS Biology und repräsentieren fünf Jahren arbeiten die Forscher am Institut für Integrative Biologie abgeschlossen haben, einer der größten Bakterien-vergleichende Studium der gen-expression zu Datum.
Invasive nontyphoidal Salmonellose (int) tritt auf, wenn die Salmonellen Bakterien, die normalerweise verursachen Magen-Darm-Erkrankungen, die den Blutkreislauf eingeben und sich durch den menschlichen Körper. Die afrikanischen iNTS Epidemie, verursacht durch eine Variante von Salmonella Typhimurium (ST313), die resistent gegen Antibiotika und in der Regel wirkt sich auf Personen mit Immunsystem geschwächt durch malaria oder HIV.
„Obwohl die Genome der afrikanischen und globalen S. Typhimurium sind 95% identisch, die restlichen 5% ist sehr unterschiedlich“, erklärt der Autor der Studie Dr. Rocío-Kanäle Alvarez. „Die meisten dieser Unterschiede führen nicht zu Veränderungen in der Genexpression, aber wir müssen die Identifizierung der genetischen Veränderungen, die Auswirkungen auf gen-expression und Einfluss auf das Ergebnis einer bakteriellen Infektion im Menschen.“
Um diese zu entdecken key genetische Unterschiede, die die Forscher führten eine groß angelegte vergleichende transkriptomischen Ansatz zwischen der tödlichen afrikanischen Salmonellen und die gemeinsame „Globale“ version, die verursacht gastroenteritis.
Die Forscher wuchs mit jedem der Salmonella – Stämme in 16 verschiedenen Möglichkeiten, die vertreten die verschiedenen Stadien der menschlichen Infektion-Prozess. Sie haben auch die isolierten Salmonellen aus Maus-Makrophagen — Zellen des Immunsystems verwendet, um die Bakterien zu entführen die Gastgeber während der Infektion.
Durch die Untersuchung des transkriptoms von afrikanischen und globalen S. Typhimurium unter diesen verschiedenen Bedingungen, die Sie entdeckt, 677 Gene und kleine RNAs wurden anders ausgedrückt zwischen den beiden Stämmen.
Eine parallele Proteom-Ansatz identifiziert die gen-expression Unterschiede, führte zu Veränderungen auf der protein-Ebene. Zwei proof-of-principle-Experimente zeigten die genetischen Grundlagen einer afrikanischen Salmonellen-Stoffwechsel-defekt und entdeckt eine neuartige bakterielle plasmid maintenance system.
Zu können die Forscher in aller Welt arbeiten mit den neuen Informationen, die neuen Daten werden präsentiert in einer benutzerfreundlichen online-tool namens der SalComD23580 Genexpression Kompendium.
„Diese Studie nimmt die macht von transcriptomics, um eine neue Ebene für ein Bakterium. Unsere „funktionale transkriptomischen“ – Ansatz ist relevant für ein breites Publikum, und kann angewendet werden, um viele andere Organismen. Die analytische pipeline-und die community-Daten-Ressource Aspekte sind generisch und könnte andere zu inspirieren, einen ähnlichen Ansatz eine Antwort auf Ihre Fragen der Forschung“, ergänzt Professor Jay Hinton, der die Studie leitete.
